Kann ich denn für den Anfang der Umstellung die Dream Machine SE hinter der Fritzbox betreiben, ja oder? Ich müsste halt DHCP usw. abschalten.
Ja, das ist grundsätzlich kein Problem, Du hast dann lediglich ein doppeltes NAT (auf IPv4). DHCP in der Fritzbox brauchst Du nicht abschalten, Du schließt ja keine weiteren Geräte als die UDM SE an ihr an.
Falls Du in irgendeiner Form vom Internet aus erreichbar sein willst (VPN z.B.) musst Du die benötigten Ports in der Fritzbox auf die SE weiterleiten. Oder die SE direkt als exposed host einstellen, das ist eine pauschale Weiterleitung von jeglichem Traffic.